Tanınmış bir okul olan yatılı özel Cross Akademisi'nde gündüz ve gece dersleri bir arada bulunuyor. Gündüz derslerine sıradan öğrenciler devam ederken elit bir grup olan gececi öğrencilerin hepsi birer vampir!! Gündüzcüler için vampirlerin varlığı da gece derslerinin gerçek yüzü de kesinlikle bir sır. Bu büyük sırrı iki kişi korumakla görevli, Yuki ve Zero, onlar Akademinin Koruyucuları!! Gece sınıfının sınıf temsilcisi saf kan vampir olan Kaname ise bu önemli görevde Yuki ve Zero'nun en büyük destekçisi.
Cross Akademisinde vampirler arasında bir savaş başlar. Gündüzcü öğrenciler bile bu savaş içinde tehdit altındadır. Kaname gizli planını en sonunda Zero'ya anlatır; Zero bu mücadelede hangi tarafta savaşacağını seçmek zorundadır artık. Fakat Zero düşmanını yenebilmek için öncelikle çok korkunç bir şey yapmak zorundadır…
